迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后,人类的文明与科技走向了广阔的宇eee。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是,一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破,人类又一次面临危机。在月球表面的一次战斗中,超级胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC(地球和平联合组织)最新制造的巨大战舰普罗米修斯的支援下,超级胜利队和戴拿奥特曼击倒了格朗达。但随后出现的侵略者莫内拉星人,暗中进行着企图将全人类抹杀的可怕计划。莫内拉星人夺取了普罗米修斯,并将它改造成拥有可怕力量的电脑魔神戴斯法萨。莫内拉星人与莫内拉杰多合为一体,诞生出了超巨大植物怪兽莫内拉皇后。莫内拉皇后直接捕获了戴拿奥特曼,被捕获的戴拿奥特曼失去了行动力。就在人类以为失去希望的时刻,传说中的光之巨人迪迦奥特曼出现了!